มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย เป็นมหาวิทยาลัยสงฆ์แห่งคณะสงฆ์ไทย ที่พระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาจุฬาลงกรณ์ พระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ ๕ ได้ทรงสถาปนาขึ้นเมื่อ พ.ศ. ๒๔๓๐ โดยให้ย้ายการสอนพระปริยัติธรรมจากศาลาบอกพระปริยัติธรรมหน้าวัดพระศรีรัตนศาสดาราม ไปตั้งที่วัดมหาธาตุยุวราชรังสฤษฎิ์ และโปรดให้เรียกว่า “มหาธาตุวิทยาลัย” เปิดสอนครั้งแรกเมื่อวันที่ ๘ พฤศจิกายน พ.ศ. ๒๔๓๒
ต่อมาพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ได้โปรดให้คิดแบบสร้างถาวรวัตถุ เรียกว่า “สังฆิกเสนาสน์ราชวิทยาลัย” ขึ้นในวัดมหาธาตุ เพื่อใช้เป็นสถานที่บำเพ็ญพระราชกุศลพระศพสมเด็จพระบรมโอรสาธิราช เจ้าฟ้ามหาวชิรุณหิศ สยามมกุฏราชกุมาร และทรงประสงค์จะอุทิศถวายถาวรวัตถุนี้เป็นสังฆิกเสนาสน์ สำหรับมหาธาตุวิทยาลัย โดยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว เสด็จพระราชดำเนินไปทรงวางศิลาก่อพระฤกษ์เมื่อวันที่ ๑๓ กันยายน พ.ศ. ๒๔๓๙ และทรงพระราชทานนามมหาธาตุวิทยาลัยใหม่ว่า “มหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย” โดยทรงมีพระราชประสงค์ให้ใช้เป็นสถานศึกษาพระไตรปิฎกและวิชาการชั้นสูงสำหรับพระภิกษุสามเณรและคฤหัสถ์
แต่เป็นที่เสียดายที่การก่อสร้างอาคารสังฆิกเสนาสน์ราชวิทยาลัยยังไม่แล้วเสร็จ พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ ๕ ก็มาเสด็จสวรรคต เมื่อวันที่ ๒๓ ตุลาคม พ.ศ.๒๔๕๓ พระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่๖จึงโปรดให้ดำเนินการก่อสร้างอาคารสังฆิกเสนาสน์ราชวิทยาลัยต่อจนแล้วเสร็จ และเมื่อวันที่ ๖ มกราคม พ.ศ. ๒๔๕๙ จึงโปรดให้เป็นที่ตั้ง “หอพระสมุดวชิรญาณสำหรับพระนคร” อาคารสังฆิกเสนาสน์ราชวิทยาลัย จึงถูกเรียกในชื่อใหม่ว่า “อาคารถาวรวัตถุ” ตั้งแต่บัดนั้นเป็นต้นมา
เมื่อพระราชประสงค์ในการใช้อาคารสังฆิกเสนาสน์ราชวิทยาลัยแปรเปลี่ยนไปเช่นนี้ สมเด็จพระวันรัต (ฑิต อุทยมหาเถร) อธิบดีสงฆ์วัดมหาธาตุในสมัยนั้น จึงจัดการศึกษาพระปริยัติธรรมแผนกธรรมและบาลี สนองพระราชประสงค์ของพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ ๕ องค์เอกอัครศาสนูปถัมภก เพียงเฉพาะในส่วนของมหาธาตุวิทยาลัยเท่านั้น
พ.ศ.๒๔๙๐ พระพิมลธรรม (ช้อย ฐานทตตมหาเถร) อธิบดีสงฆ์วัดมหาธาตุในสมัยนั้น ได้จัดประชุมพระเถระฝ่ายมหานิกายจำนวน ๕๗ รูป เพื่อดำเนินการจัดการศึกษาพระไตรปิฎกและวิชาการชั้นสูงระดับอุดมศึกษาตามพระราชปณิธานของพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว โดยทำการเปิดสอนระดับปริญญาตรีครั้งแรกเมื่อวันที่ ๑๘ กรกฎาคม พ.ศ.๒๔๙๐ และต่อมา พ.ศ.๒๔๙๘ ได้ทำการก่อสร้างอาคารเรียนมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ในที่ดินของวัดมหาธาตุ เป็นอาคาร ค.ส.ล. สูง ๓ ชั้น พื้นที่ใช้สอยประมาณ ๒,๔๐๐ ตารางเมตร ใช้เป็นสถานที่จัดการ เรียนการสอนสำหรับพระนิสิตของมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย จำนวนประมาณ ๑๐ รูป เท่านั้น และได้ดำเนินการจัดการศึกษามาโดยลำดับจนกระทั่ง พ.ศ. ๒๕๒๗ รัฐบาลจึงได้ตราพระราชบัญญัติรับรองวิทยฐานะหลักสูตรปริญญาตรีของมหาวิทยาลัย ต่อมาได้มีการขยายการจัดการศึกษาเพิ่มมากขึ้นทั้งส่วนกลางและวิทยาเขต เพื่อขยายโอกาสทางการศึกษาไปสู่ภูมิภาค ทำให้อาคารสถานที่ที่มีอยู่ค่อนข้างจำกัด ไม่เพียงพอสำหรับใช้สอยในการจัดการเรียนการสอนและเป็นศูนย์กลางประสานงานกับวิทยาเขต ผู้บริหารมหาวิทยาลัยได้พยายามที่จะขยายและก่อสร้างอาคารเพิ่มเติม แต่ก็ไม่สามารถทำได้ด้วยเหตุผลเรื่องกรรมสิทธิ์ที่ดินเป็นของวัดมหาธาตุ
พ.ศ. ๒๕๔๐ พระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดช ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าโปรดกระหม่อม ให้ตราพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิชาลัย พ.ศ. ๒๕๔๐ ขึ้น โดยมีสถานภาพเป็นนิติบุคคลที่ไม่เป็นส่วนราชการและรัฐวิสาหกิจ และเป็นมหาวิทยาลัย ของรัฐ ภายใต้การกำกับดูแลของกระทรวงศึกษาธิการ เน้นการจัดการศึกษาวิชาการด้านพระพุทธศาสนาเป็นหลัก