มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ได้ปฏิบัติภารกิจในฐานะสถาบันอุดมศึกษา โดยได้มีการจัดการเรียนการสอนในระดับต่าง ๆ ดังนี้ ๑. การจัดการเรียนการสอนระดับปริญญาตรี ในส่วนกลาง ๔ คณะ คือ ๑) คณะพุทธศาสตร์ ๒) คณะครุศาสตร์ ๓) คณะมนุษยศาสตร์ ๔) คณะสังคมศาสตร์ ๒. การจัดการศึกษาระดับปริญญาตรี ตามโครงการขยายโอกาสทางการศึกษาไปสู่ ภูมิภาค โดยจัดตั้งวิทยาเขตและวิทยาลัยสงฆ์ รวม ๑๔ แห่ง คือ ๒.๑ ในเขตภาคตะวันออกเฉียงเหนือ จำนวน ๗ แห่ง คือ ๑) วิทยาเขตหนองคาย ๒) วิทยาเขตขอนแก่น ๓) วิทยาเขตนครราชสีมา ๔) วิทยาเขตสุรินทร์ ๕) วิทยาเขตอุบลราชธานี ๖) วิทยาลังสงฆ์นครพนม ๗) วิทยาลัยสงฆ์เลย ๒.๒ ในเขตภาคเหนือ จำนวน ๔ แห่ง คือ ๑) วิทยาเขตเชียงใหม่ ๒) วิทยาเขตพะเยา ๓) วิทยาเขตแพร่ ๔) วิทยาลัยสงฆ์ลำพูน ๒.๓ ในเขตภาคใต้ จำนวน ๑ แห่ง คือ ๑) วิทยาเขตนครศรีธรรมราช ๒.๔ ในเขตภาคกลาง จำนวน 2 แห่ง คือ ๑) วิทยาเขตบาฬีศึกษาพุทธโฆส นครปฐม ๒) วิทยาลัยสงฆ์นครสวรรค์ ๓. การจัดการเรียนการสอนระดับบัณฑิตศึกษา มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยได้เปิดสอนระดับปริญญาโท ในส่วนกลางและวิทยาเขตเชียงใหม่ สำหรับพระภิกษุสามเณรและคฤหัสถ์ ๔ สาขาวิชา คือ สาขาพระพุทธศาสนา สาขาปรัชญา สาขาธรรมนิเทศ และสาขาภาษาบาลี นอกจากนี้ มหาวิทยาลัยมีแผนจะเปิดสอนระดับปริญญาเอก สาขาพระพุทธศาสนา รวมทั้งหลักสูตรนานาชาติระดับปริญญาโท สาขาพระพุทธศาสนา ในปีการศึกษา ๒๕๔๓ มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ในฐานะเป็นสถาบันอุดมศึกษาตระหนักถึงความรับผิดชอบในการผลิตบัณฑิตให้คุณภาพและคุณธรรมทั้งระดับปริญญาตรี ปริญญาโท และปริญญาเอก ในสาขาวิชาต่าง ๆ เพื่อพัฒนาทรัพยากรมนุษย์ให้สอดคล้องกับความต้องการตามแผนพัฒนาเศรษฐกิจและสังคมแห่งชาติ ฉบับที่ ๘ (พ.ศ. ๒๕๔๐-๒๕๔๔) นอกจากนั้นยังมีภารกิจหลักในด้านการวิจัย การบริการวิชาการแก่สังคม การทำนุบำรุงศิลปวัฒนธรรม และการส่งเสริมพระพุทธศาสนา ในฐานะสถาบันอุดมศึกษา มหาวิทยาลัยตระหนักถึงความสำคัญของแผนพัฒนาและภารกิจหลักดังกล่าว จึงได้พยายามจัดการเรียนการสอนให้สามารถตอบสนองทิศทางการพัฒนาตามนโยบายของรัฐและคณะสงฆ์ในเรื่องการพัฒนาทรัพยากรบุคคล โดยมุ่งกระจายโอกาสและการสร้างความเสมอภาคทางการศึกษา พัฒนาปรับปรุงประสิทธิภาพและการประกันคุณภาพการศึกษามุ่งความเป็นเลิศทางวิชาการด้านพระพุทธศาสนาและความเป็นสากล แต่มหาวิทยาลัยไม่สามารถจะดำเนินการให้เป็นไปตามแผนพัฒนาและภารกิจหลักได้อย่างมีประสิทธิภาพเท่าที่ควร เพราะประสบปัญหาข้อจำกัดด้านอาคารสถานที่ที่มีอยู่ไม่เอื้ออำนวยต่อการจัดการเรียนการสอนระดับอุดมศึกษาและศูนย์กลางในการประสานงานกับวิทยาเขต มหาวิทยาลัยจำเป็นต้องมีอาคารสถานที่ที่ตั้งถาวรเป็นศูนย์ในการบริหารงานและการจัดการเรียนการสอนดังกล่าว จึงได้กำหนดทิศทางการพัฒนาและจัดทำแผนแม่บทมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย อยุธยาขึ้น