การจัดทำแผนพัฒนามหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย เป็นการจัดทำแผนพัฒนาให้สอดคล้องกับแผนแม่บทมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย และแผนการดำเนินงานด้านการบริหาร ได้แก่ การจัดหาสถานที่ก่อสร้างที่ทำการถาวรให้เป็นศูนย์กลางในการให้บริการจัดการเรียนการสอนและปฏิบัติภารกิจด้านต่าง ๆ ของมหาวิทยาลัย ให้สามารถตอบสนองความต้องการผู้เรียน ทั้งพระภิกษุสามเณร และคฤหัสถ์ จึงได้ทำการศึกษาความต้องการของกลุ่มเป้าหมายที่จะเข้าศึกษาต่อระดับอุดมศึกษาในมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย อยุธยา แต่ละปี เสาะแสวงหาที่ดินที่เหมาะสมในการจัดตั้งสถาบันอุดมศึกษาทั้งในเชิงปริมาณ สภาพแวดล้อม และ INFRA STRUCTUE ต่าง ๆ การให้การสนับสนุนส่งเสริมกิจการของมหาวิทยาลัยของฝ่ายต่าง ๆ แล้วนำมาประมวลเพื่อทำการวิเคราะห์ประกอบการตัดสินใจที่จะขยายเขตการศึกษาออกไปจัดตั้งในเขตปริมณฑลในรูปแบบที่เหมาะสมต่อไป จากการศึกษารายละเอียดดังกล่าวแล้วพบว่ามีผู้แสดงความประสงค์ให้มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยขยายเขตการศึกษาเข้าไปดำเนินการจัดการเรียนการสอนในบริเวณอำเภอวังน้อย จังหวัดพระนคร ศรีอยุธยาและพร้อมให้การสนับสนุนทั้งการหาสถานที่ตั้งและอำนวยความสะดวกเรื่องต่าง ๆ ให้เป็นอย่างดียิ่ง รวมทั้งมีองค์ประกอบอื่นที่สนับสนุน เช่น สถานที่ตั้งมีสภาพแวดล้อมที่เป็นบรรยากาศทางวิชาการ การคมนาคมสะดวก ระบบสาธารณูปโภคอื่นเอื้ออำนวยอย่างเหมาะสมต่อการจัดการเรียนการสอนระดับอุดมศึกษา มหาวิทยาลัยจึงได้จัดทำแผนแม่บทในพื้นที่ดังกล่าว และนำผลมาจัดทำแผนพัฒนามหาวิทยาลัยในช่วงปี พ.ศ.๒๕๔๓-๒๕๔๙ โดยกำหนดแผนวิชาการ แผนกายภาพ แผนครุภัณฑ์และเทคโนโลยี แผนกำลังคน และแผนงบประมาณ เพื่อนำเสนอให้กระทรวงศึกษาธิการพิจารณาเสนอคณะรัฐมนตรีพิจารณาให้ความเห็นชอบแผนพัฒนามหาวิทยาลัย เพื่อให้สำนักงบประมาณได้จัดสรรงบประมาณ สนับสนุนกิจกรรมการดำเนินงานตั้งแต่ปีงบประมาณ พ.ศ.๒๕๔๔ เป็นต้นไป โดยมีแผนการดำเนินงานสรุปได้ดังต่อไปนี้
๑)   ดำเนินการวิเคราะห์แผนแม่บท จัดทำเป็นแผนพัฒนามหาวิทยาลัย ในช่วงปี พ.ศ.๒๕๔๓-๒๕๔๙ ประกอบด้วยแผนวิชาการ แผนกายภาพ แผนครุภัณฑ์และเทคโนโลยี แผนกำลังคน และแผนงบประมาณ เพื่อนำเสนอคณะรัฐมนตรีให้ความเห็นชอบ ให้สำนักงบประมาณจัดสรรงบประมาณสนับสนุนกิจกรรมการดำเนินงานตามแผนพัฒนามหาวิทยาลัยต่อไป
๒)   จัดทำแผนปฏิบัติการประจำปีของมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย เพื่อใช้ประกอบการจัดทำคำขอตั้งงบประมาณรายจ่ายประจำปี ประกอบด้วยกิจกรรมด้านวิชาการ ด้านการก่อสร้าง ด้านบุคลากร การจัดหาครุภัณฑ์และเทคโนโลยี และงบประมาณเป็นรายปี จำแนกตามแผนงานและหมวดเงิน นอกจากนั้นยังใช้เป็นคู่มือในการบริหารงานของผู้บริหารและการปฏิบัติงานของเจ้าหน้าที่ระดับปฏิบัติการ รวมทั้งปฏิบัติภารกิจอุดมศึกษาด้านอื่นของมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยด้วย
๓)   จัดทำแผนและดำเนินการก่อสร้างอาคารสถานที่ ระบบสาธารณูปโภค และภูมิสถาปัตยกรรมของมหาวิทยาลัยให้สอดคล้องกับแผนพัฒนาวิชาการและแผนการใช้งานด้านอื่น ๆ ของมหาวิทยาลัย
๔)   จัดทำแผนพัฒนาหลักสูตรสาขาวิชาต่าง ๆ ตามแผนพัฒนาวิชาการ ทั้งระดับปริญญาตรี และระดับบัณฑิตศึกษา รวมทั้งจัดทำแผนพัฒนาการวิจัยให้สอดคล้องกับการจัดการศึกษาระดับบัณฑิตศึกษาเพื่อให้มุ่งสู่ความเป็นเลิศทางวิชาการด้านพระพุทธศาสนาตามเป้าหมาย
๕)  จัดทำแผนการจัดหาครุภัณฑ์ประกอบอาคาร แผนการจัดหาครุภัณฑ์การศึกษา ให้สอดคล้องกับหลักสูตรสาขาวิชาที่เปิดสอนและภารกิจอื่น ๆ ในความรับผิดชอบของมหาวิทยาลัย
๖)  จัดทำแผนการจัดหาและพัฒนาบุคลากรให้สอดคล้องกับภารกิจความรับผิดชอบด้านต่าง ๆ และเป้าหมายการรับนิสิตตามแผนพัฒนามหาวิทยาลัย
๗)  จัดทำแผนปรับปรุงระบบการบริหารงานทั้งระบบการบริหารงานบุคคล ระบบงบประมาณ ระบบการบริหารงานวิชาการ ให้เอื้อต่อการบริหารงานที่มีอิสระ คล่องตัว ใช้บริหารงานได้อย่างมีประสิทธิภาพ โปร่งใส สามารถตรวจสอบได้
๘)  จัดทำแผนการจัดตั้งองค์กรและกำหนดกลไกการดำเนินงานด้านการประกันคุณภาพการศึกษา โดยให้เริ่มปฏิบัติตั้งแต่ปีงบประมาณ พ.ศ. ๒๕๔๓ เป็นต้นไป
๙)  จัดทำแผนการเคลื่อนย้ายสำนักงานไปเปิดทำการจัดการเรียนการสอนและปฏิบัติภารกิจต่าง ๆ ณ มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย อยุธยาให้สอดคล้องกับแผนการก่อสร้างอาคาร ระบบสาธารณูปโภคและภูมิสถาปัตยกรรมของมหาวิทยาลัย